Il Dottorato di Ricerca costituisce il terzo livello della formazione previsto nell'ordinamento accademico italiano ed è volto all'acquisizione delle competenze necessarie per esercitare presso Università, Enti Pubblici e soggetti privati attività di ricerca di alta qualificazione, anche ai fini dell'accesso alle carriere nelle amministrazioni pubbliche e dell'integrazione di percorsi professionali di elevata innovatività.
I corsi di dottorato hanno durata minima di 3 anni e comportano un impegno esclusivo e a tempo pieno. Il percorso formativo prevede la definizione e lo svolgimento di un progetto di ricerca, sia attraverso attività di formazione interdisciplinare, multidisciplinare e transdisciplinare, sia tramite l'approfondimento individuale, e si concretizza nell'elaborazione di una tesi costituita da uno studio originale del candidato, che contribuisca all’avanzamento delle conoscenze o delle metodologie nel campo di indagine prescelto.
La Scuola Universitaria Superiore IUSS promuove quattro programmi di Dottorato:

• Comprensione e Gestione delle Situazioni Estreme
• Neuroscienze Cognitive e Filosofia della Mente
• Scienze Biomolecolari e Biotecnologie
• Sustainable Development and Climate change

Tutti i programmi di Dottorato della Scuola Universitaria Superiore IUSS sono stati accreditati come innovativi (internazionali, interdisciplinari o intersettoriali) dall’Agenzia ANVUR.